Có các giải thưởng sau: giải Nhất, giải Nhì, giải Ba và giải Khuyến khích. Người đạt các giải Nhất, Nhì, Ba trong kỳ thi này được Bộ Giáo dục và Đào tạo Việt Nam cấp bằng chứng nhận Học sinh giỏi cấp quốc gia trung học phổ thông.

Những thí sinh tham gia kì thi chọn đội tuyển Olympic quốc tế được miễn xét tốt nghiệp và tuyển thẳng vào bất kì trường đại học nào với môn thi phù hợp.

Những thí sinh đạt giải Nhất, Nhì, Ba trong kỳ thi này được đăng kí xét tuyển thẳng vào trường đại học có khối ngành phù hợp với môn đã dự thi và được cộng điểm thi trong kỳ thi THPT quốc gia, nay là kỳ thi tốt nghiệp THPT. Những thí sinh đạt giải Khuyến khích trong kỳ thi này được đăng kí xét tuyển thẳng vào trường cao đẳng, trung cấp chuyên nghiệp nào có khối ngành phù hợp với môn đã dự thi.